Kitapta İsa ile ilgili tarihi sırlar ve Da Vinci'nin eserlerinde bu sırlarla ilgili ipuçları bıraktığına değinilir. Ayrıca Da Vinci'nin gizli bir tarikata üye olduğundan bahsetmektedir. Tüm bunlar kitapta bulmacalar ve kovalamacalarla ele alınmıştır. Dan Brown'un, sinemalarda da ilgi gören Da Vinci Şifresi bir cinayetle başlar. Cinayetin çözüm sürecinde ise İsa'nın evlenmiş ve soyunun yürümüş olduğu düşüncesi savunularak Hristiyan dünyasını karıştıran tez ortaya atılır. Kitabın sürprizlerinden biri de, Leonardo da Vinci'nin, S. Maria delle Grazie Manastırı için yaptığı Son Akşam Yemeği adlı freskte, İsa'nın yanında oturan kişinin Havari Yuhanna değil; Magdalalı Meryem (Maria Magdalena) olabileceği ve Mecdeli Meryem'in İsa'nın eşi olduğu iddiasıdır. İddiaya göre, Bizans İmparatoru I. Konstantin, İznik'te toplanan Birinci Konsül sırasında, pagan toplumları Hristiyanlıka çekebilmek ve çatışmayı önleyebilmek için İsa'yı Roma stili tanrılaştıran anlayışın desteklenmesini ve bazı gerçeklerin perdelenmesini sağlamıştır. İşte bu gerçeği ortaya koyacak belgeler, Sion Tarikatı tarafından korunmaktadır. Ayrıca, Hristiyanlık tarihinin en önemli simgelerinden biri olan 'Kutsal Kase', aslında bir dişiyi, Magdalalı Meryem'i simgelemektedir. Kitabın Hristiyan dünyasını karıştıran en tartışmalı özelliği ise, hikâyenin kurgusu içinde cinayetlerin, Papa 2. Jean Paul döneminde gücünü arttırdığı bilinen Opus Dei tarikatının üyelerine işletilmesi